《猪猪侠之南海日记 第二季》是猪猪侠全新番外科普系列动画片，讲述了超星特工猪猪侠和阿五结束恐龙世界的探险后，前往神秘的南海，调查海洋生物、完成记录的探险故事。

猪猪侠接到新任务，就是在神秘而美丽的南海搜集寻找各种海洋生物，调查并记录它们的生存环境和独特行为。为了保护海洋生态环境、记录大开眼界的见闻，猪猪侠与伙伴阿五、聪聪组成探险小队，不但要面对海底世界的种种困难，还要与一个叫坏坏博士的竞争者斗智斗勇。

猪猪侠和阿五为了打造全宇宙最受欢迎的恐龙博物馆，一次次前往恐龙世界进行调查。调查过程往往艰辛而滑稽，恐龙总会展现出不为人知的一面，令他们陷入困境。但猪猪侠和阿五总能找到应对之法，最终完成任务。本片旨在通过寓教于乐的方式，让孩子们获得恐龙知识的同时，拥有猪猪侠一样解决问题的勇气和毅力。

猪猪侠和阿五为了打造全宇宙最受欢迎的恐龙博物馆，一次次前往恐龙世界进行调查。调查过程往往艰辛而滑稽，恐龙总会展现出不为人知的一面，令他们陷入困境。但猪猪侠和阿五总能找到应对之法，最终完成任务。本片旨在通过寓教于乐的方式，让孩子们获得恐龙知识的同时，拥有猪猪侠一样解决问题的勇气和毅力。

狡猾的迷雾捉走了萌宠，猪猪们迅速找到迷雾撤退的路线——冰凌城。与此同时，猪猪们却收到玻里森林遭受袭击的紧急信号。猪猪们决定兵分两路，猪猪侠与迷糊等人前往冰凌城去救宠物伙伴，而菲菲则带领波比和超人强乘坐九霄飞船前往玻里森林。全新的天空之城冒险之旅开始了！

韦教授得到聂墨西斯的远古知识后，结合巨齿鲨和邓氏鱼的基因研究复活了一条远古大海兽——邓啃，并派遣邓啃去星海城消灭猪猪侠等人。但之前彪汉吞食海心碎片后留下了后遗症变得非常虚弱，彻底失去了战斗能力。剩下的鞭炮，龙卷，钢牙，坦克合力依旧不是邓啃的对手。为了保护无辜的平民，英雄团不得不暂时撤离星海城。

一段全新的星际赛车之旅就此展开，猪猪侠将快速集合车队伙伴，克服各式各样来自赛道环境、机械故障的困难，还要面对五花八门的竞争对手，以及抢夺超星卜卜的星际盗贼团们，开始正义的太空飞车啦！

21世纪中叶超能力者数量激增，泛滥的超人开始争夺有限的怪兽资源，过分强调战斗场面的风气也带来了巨量的破坏，民间怨声载道。快递侠加入超协,在超协的治理下，超能力犯罪受到一定遏制。整个城市治安得到改善。